07wk-2

통계와 시각화
plotnine
Author

최규빈

Published

October 19, 2022

아이스크림을 많이 먹으면 걸리는 병(2)

강의영상

https://youtube.com/playlist?list=PLQqh36zP38-yQH8dZfxHgxiFZr-FL50NU

imports

import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from plotnine import *

아이스크림을 많이 먹으면 걸리는 병 (2)

자료생성: 좀 더 그럴듯한 자료 (만들기)

- 지난 시간의 toy example은 데이터가 너무 작아서 억지스러움 \(\to\) 기상자료개방포털, 회원가입해야 자료받을 수 있음.

_df=pd.read_csv('https://raw.githubusercontent.com/guebin/DV2022/master/posts/temp.csv')
_df
지점번호 지점명 일시 평균기온(℃) 최고기온(℃) 최고기온시각 최저기온(℃)
0 146 전주 2020-01-01 -0.5 4.3 15:09 -6.4
1 146 전주 2020-01-02 1.4 6.5 14:12 -3.0
2 146 전주 2020-01-03 2.6 7.6 13:32 -0.5
3 146 전주 2020-01-04 2.0 7.7 13:51 -2.6
4 146 전주 2020-01-05 2.5 8.6 14:05 -3.2
... ... ... ... ... ... ... ...
651 146 전주 2021-10-13 19.9 25.5 14:29 15.6
652 146 전주 2021-10-14 20.4 25.5 13:36 17.0
653 146 전주 2021-10-15 18.3 22.0 13:47 15.7
654 146 전주 2021-10-16 12.8 17.4 0:01 6.5
655 146 전주 2021-10-17 6.7 12.4 15:18 2.2

656 rows × 7 columns

- 평균기온만 선택

pd.Series(_df.columns)
0       지점번호
1        지점명
2         일시
3    평균기온(℃)
4    최고기온(℃)
5     최고기온시각
6    최저기온(℃)
dtype: object
temp = np.array(_df.iloc[:,3])
temp[:5]
array([-0.5,  1.4,  2.6,  2. ,  2.5])

# 숨은진짜상황1: 온도 \(\to\) 아이스크림 판매량

- 아래와 같은 관계가 있다고 하자.

\[\text{아이스크림 판매량} = 20 + 2 \times \text{온도} + \epsilon\]

np.random.seed(1)
eps = np.random.normal(size=len(temp), scale=10) 
icecream = 20 + 2*temp + eps
plt.plot(temp,icecream,'o',alpha=0.3)
plt.xlabel("temp",size=15)
plt.ylabel("icecream",size=15)
Text(0, 0.5, 'icecream')

# 숨은진짜상황1: 온도 \(\to\) 아이스크림 판매량

- 아래와 같은 관계가 있다고 하자.

\[\text{소아마비 반응수치} = 30 + 0.5 \times \text{온도} + \epsilon\]

np.random.seed(2) 
eps=np.random.normal(size=len(temp),scale=1)
disease= 30 + 0.5 * temp + eps
plt.plot(temp,disease,'o',alpha=0.3)
plt.xlabel("temp",size=15)
plt.ylabel("disease",size=15)
Text(0, 0.5, 'disease')

# 우리가 관측한 상황 (온도는 은닉되어있음)

plt.plot(icecream,disease,'o',alpha=0.3)
plt.xlabel("icecream",size=15)
plt.ylabel("disease",size=15)
Text(0, 0.5, 'disease')

np.corrcoef(icecream,disease)
array([[1.        , 0.86298975],
       [0.86298975, 1.        ]])
  • 0.86정도..

직관: 여름만 뽑아서 plot 해보자.

- temp>25 (여름으로 간주) 인 관측치만 플랏

plt.plot(icecream[temp>25],disease[temp>25], 'o', color='C1') ## 평균기온이 25도가 넘어가면 여름이라 생각

- 전체적인 산점도

fig , ((ax1,ax2), (ax3,ax4)) = plt.subplots(2,2,figsize=(8,6)) 
ax1.plot(temp,icecream,'o',alpha=0.2); ax1.set_xlabel('temp'); ax1.set_ylabel('icecream'); ax1.set_title("hidden1")
ax2.plot(temp,disease,'o',alpha=0.2); ax2.set_xlabel('temp'); ax2.set_ylabel('disease'); ax2.set_title("hidden2")
ax3.plot(icecream,disease,'o',alpha=0.2); ax3.set_xlabel('icecream'); ax3.set_ylabel('disease'); ax3.set_title("observed")
ax4.plot(icecream,disease,'o',alpha=0.2); ax4.set_xlabel('icecream'); ax4.set_ylabel('disease'); ax4.set_title("observed")
ax4.plot(icecream[temp>25],disease[temp>25],'o',label='temp>25')
ax4.legend()
fig.tight_layout()

ggplot: 온도구간을 세분화 하여 시각화

- 목표: 모든 온도구간에 대하여 각각 색을 다르게 하여 그려보자.

  • 사실 지금 변수는 온도, 아이스크림판매량, 소아마비
  • 온도가 유사한 지역을 색으로 묶으면 3차원 플랏이 가능함

# df로 자료정리

- 일단 데이터 프레임을 정리하자.

df = pd.DataFrame({'temp':temp,'icecream':icecream,'disease':disease})
df
temp icecream disease
0 -0.5 35.243454 29.333242
1 1.4 16.682436 30.643733
2 2.6 19.918282 29.163804
3 2.0 13.270314 32.640271
4 2.5 33.654076 29.456564
... ... ... ...
651 19.9 68.839992 39.633906
652 20.4 76.554679 38.920443
653 18.3 68.666079 39.882650
654 12.8 42.771364 36.613159
655 6.7 30.736731 34.902513

656 rows × 3 columns

# 구간세분화

- 온도를 카테고리화 하자 \(\to\) 적당한 구긴을 설정하기 위해서 히스토그램을 그려보자.

df.temp.hist() # ? 이거 14주차쯤 배우는데 미리 스포합니다.. 엄청 편해요 
<AxesSubplot:>

plt.hist(df.temp) # 원래는 이걸 배웠죠
(array([  3.,   9.,  29.,  60.,  92.,  86.,  65.,  93., 139.,  80.]),
 array([-12.4 ,  -8.16,  -3.92,   0.32,   4.56,   8.8 ,  13.04,  17.28,
         21.52,  25.76,  30.  ]),
 <BarContainer object of 10 artists>)

- 구간은 5정도로 하면 적당할 것 같다.

def cut(x): # 이거보다 더 좋은 방법이 있을 것 같긴 한데요..
    if x<0: 
        y='Temp: <0'
    elif x<5: 
        y='Temp: 0~5'
    elif x<10: 
        y='Temp: 5~10'
    elif x<15: 
        y='Temp: 10~15'
    elif x<20:
        y='Temp: 15~20'
    elif x<25: 
        y='Temp: 20~25'
    else: 
        y='Temp: >30'
    return y 
df.assign(temp2 = list(map(cut,df.temp)))
temp icecream disease temp2
0 -0.5 35.243454 29.333242 Temp: <0
1 1.4 16.682436 30.643733 Temp: 0~5
2 2.6 19.918282 29.163804 Temp: 0~5
3 2.0 13.270314 32.640271 Temp: 0~5
4 2.5 33.654076 29.456564 Temp: 0~5
... ... ... ... ...
651 19.9 68.839992 39.633906 Temp: 15~20
652 20.4 76.554679 38.920443 Temp: 20~25
653 18.3 68.666079 39.882650 Temp: 15~20
654 12.8 42.771364 36.613159 Temp: 10~15
655 6.7 30.736731 34.902513 Temp: 5~10

656 rows × 4 columns

# ggplot

- 온도를 색으로 구분하면

fig = ggplot(data=df.assign(temp2 = list(map(cut,df.temp))))
p1 = geom_point(aes(x='icecream',y='disease',colour='temp2'),alpha=0.5)
fig + p1

<ggplot: (8762005360345)>

- 추세선을 추가하면

l1 = geom_smooth(aes(x='icecream',y='disease',colour='temp2'))
fig+p1+l1
/home/cgb4/anaconda3/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/plotnine/stats/smoothers.py:311: PlotnineWarning: Confidence intervals are not yet implementedfor lowess smoothings.

<ggplot: (8762010169613)>
  • 각 온도별로 추세선은 거의 기울기가 0이다. \(\to\) 온도가 비슷한 구간별로 묶어서 보니까 상관관계가 없다는 거!
  • 아이스크림 판매량과 소아마비의 corr은 유의미해보이지만, 온도를 통제하였을 경우 아이스크림 판매량과 소아마비의 partial corr은 유의미해보이지 않음.

# 해석

- 해피앤딩: 온도를 통제하니까 아이스크림과 질병은 관련이 없어보인다. \(\to\) 아이스크림을 먹으면 소아마비를 유발한다는 이상한 결론이 나올뻔 했지만 우리는 온도라는 흑막을 잘 찾았고 결과적으로 “온도->아이스크림판매량,소아마비” 이라는 합리적인 진리를 얻을 수 있었다.

  • 온도와 같은 변수를 은닉변수라고 한다.

- 또 다른 흑막? 고려할 흑막이 온도뿐이라는 보장이 어디있지? 사실 흑막2, 흑막3이 있어서 그런 흑막들을 고려하다보니까 아이스크림과 소아마비사이의 상관관계가 다시 보이면 어떡하지?

  • 이러한 이유 때문에 상관계수로 인과성을 유추하는건 사실상 불가능.
  • 그런데 이론적으로는 “세상의 모든 은닉변수를 통제하였을 경우에도 corr(X,Y)의 값이 1에 가깝다면 그때는 인과성이 있다고 봐도 무방함, (물론 이 경우에도 무엇이 원인인지는 통계적으로 따지는것이 불가)” 이라고 주장할 수 있다. 즉 모든 흑막을 제거한다면 “상관성=인과성”이다.

- 실험계획법, 인과추론: 세상의 모든 흑막을 제거하는건 상식적으로 불가능

  • 피셔의주장(실험계획법): 그런데 실험계획을 잘하면 흑막을 제거한 효과가 있음 (무작위로 사람뽑아서 담배를 피우게 한다든가)
  • 인과추론: 실험계획이 사실상 불가능한 경우가 있음 \(\to\) 모인 데이터에서 최대한 흑막2,3,4,.. 등이 비슷한 그룹끼리 “매칭”을 시킨다!

그냥 궁금해서: 진짜 만약에 아이스크림과 소아마비가 관련있는 경우라면?

- 온도는 아이스크림 판매에 여전히 영향을 주지만

\[\text{아이스크림 판매량} = 20 + 2 \times \text{온도} + \epsilon\]

np.random.seed(1)
eps=np.random.normal(size=len(temp), scale=10) 
icecream = 20 + 2 * temp + eps

- 수영장이 원인이 아니라 진짜 아이스크림을 먹고 소아마비에 걸린상황이라면?

\[\text{소아마비 반응수치} = 30 + 0 \times \text{온도} + 0.15 \times \text{아이스크림 판매량} + \epsilon\]

np.random.seed(2) 
eps = np.random.normal(size=len(temp),scale=2)
disease= 30+ 0*temp + 0.15*icecream + eps
df2=pd.DataFrame({'temp':temp,'icecream':icecream,'disease':disease})
df2.assign(temp2=list(map(cut,df2.temp)))
temp icecream disease temp2
0 -0.5 35.243454 34.453002 Temp: <0
1 1.4 16.682436 32.389832 Temp: 0~5
2 2.6 19.918282 28.715350 Temp: 0~5
3 2.0 13.270314 35.271089 Temp: 0~5
4 2.5 33.654076 31.461240 Temp: 0~5
... ... ... ... ...
651 19.9 68.839992 39.693811 Temp: 15~20
652 20.4 76.554679 38.924088 Temp: 20~25
653 18.3 68.666079 41.765212 Temp: 15~20
654 12.8 42.771364 36.842022 Temp: 10~15
655 6.7 30.736731 37.715537 Temp: 5~10

656 rows × 4 columns

ggplot(data=df2.assign(temp2=list(map(cut,df2.temp))))+\
geom_point(aes(x='icecream',y='disease',colour='temp2'),alpha=0.2)+\
geom_smooth(aes(x='icecream',y='disease',colour='temp2'))
/home/cgb4/anaconda3/envs/py37/lib/python3.7/site-packages/plotnine/stats/smoothers.py:311: PlotnineWarning: Confidence intervals are not yet implementedfor lowess smoothings.

<ggplot: (8762005194073)>
  • 이번엔 partial corr도 유의미하게 나옴

- 단순 corr을 봐서는 “온도->아이스크림,소아마비” 인지, “온도->아이스크림->소아마비” 인지 알기 어렵다.

df.corr()
temp icecream disease
temp 1.000000 0.884366 0.975609
icecream 0.884366 1.000000 0.862990
disease 0.975609 0.862990 1.000000 
df2.corr()
temp icecream disease
temp 1.000000 0.884366 0.725505
icecream 0.884366 1.000000 0.830539
disease 0.725505 0.830539 1.000000

숙제

- 없습니다..